1952年建校时，体育部称为“体育教研组”。1999年9月，内蒙古农牧学院和内蒙古林学院两校合并，更名为内蒙古农业大学，原“体育教研组”更名为体育教学部。体育教学部是直属学校领导的处级教学单位，为全校学生讲授公共体育课。体育教学部下设3个科级机构：办公室（党务行政）、体育教研室和群体竞赛教研室（1个学校备案，2个内设），分别负责党务和行政、教学、康体、竞赛等工作，工作水平较合并前有所提高。2008年体育教学部根据工作需求和发展需要将下设行政机构进一步细化，划分为5个行政机构：办公室（党务和行政）、康体中心、场地管理科、竞训管理中心、体育教研室，其中2个学校备案，3个内设。为提高教学等管理水平，2017年增设体育教学管理办公室（教务处备案），2018年增设学生体质健康测试中心（教务处备案）。

体育教学部现有7个科室，教职工54人，其中专任教师43人（高级职称23人，中级职称14人，中级职称以下6人），行政和教辅人员8人。负责党务行政、体育课程教学、学生体质健康测试、高水平运动队建设、群众体育竞赛活动等工作。学校投入大量经费加强基础设施建设，2016年，我校在南校区新建田径场1个、拓展训练场1个、篮球场15个、排球场4个、网球场3个、五人制足球场2个，耗资60万元更换了全校所有超过安全使用期限的篮球架计37副，学校体育场地总面积达到140507.21平方米并全部塑胶化、草坪化。

体育教学部始终坚持“以体育教学为中心，以群体竞赛为特色”的工作思路，坚持贯彻“健康第一，终身体育”指导思想，积极鼓励教师进行教学改革创新的研究和实践。在十三五期间新开设体育课程6门，十四五以来新开设体育课程2门，开课门数达到23门，至2023年我校体育课程设置实现了田径、球类、体操类、冰雪体育类、中华民族传统体育、少数民族传统体育、新兴的素质提升类运动项目全覆盖。近几年来，体育教学部以“立德树人”为根本任务，切实以学生素质教育作为重要突破口，各课程组充分挖掘体育课程的思想政治教育内涵，探索体育课程思政教育的有效途径，充分发挥体育教育的思政育人功能。科研方面，近十年我校体育教师在省级以上不同刊物发表论文近百余篇，出版教材、专著10余部，主持省部级科研项目15项，其中获自治区优秀科研项目两项，获得学校高等教育教学优秀教学成果一等奖一项、二等奖一项。

体育教学部不断提高学生的运动竞技水平，积极推动校园体育文化的发展。我校训练队学生平均每年代表学校参加各级各类体育赛事35项以上，十三五以来共获得国际级马拉松比赛体育竞赛冠军3项，获国家级（田径、摔跤）体育竞赛冠军6项、亚军2项、季军5项，获自治区级体育竞赛冠军25项、亚军26项、季军23项。2017年我校学生高柏鹏在全国学生运动会比赛中为自治区获得唯一一块宝贵的金牌；2021年我校学生张尧在全国学生运动会比赛中为自治区获得唯一一块银牌。我校的中长跑、投掷、网球、足球、射箭等项目在全国大学生运动会及单项赛事中获得了较好的排名，田径、篮球、足球、搏克、射箭、网球、羽毛球、乒乓球、武术等项目的竞赛成绩均排在自治区高校的前列。体育教学部坚持月月举办各类群体活动，丰富校园体育文化氛围，维护校园的和谐稳定，培养学生对参与体育活动的兴趣，为学生进行终身体育锻炼奠定基础。

（2023年10月更新）